PRACOWNIA BIOTECHNOLOGII I INŻYNIERII MOLEKULARNEJ

O nas

Pracownia Biotechnologii i Inżynierii Molekularnej w IBPRS-PIB prowadzi interdyscyplinarne badania w obszarze mikrobiologii, biologii molekularnej i bezpieczeństwa żywności. Nasze działania koncentrują się na analizie mikrobiomów różnych środowisk oraz złożonych interakcji mikroorganizmów ze środowiskiem, gospodarzem i innymi mikroorganizmami. Wykorzystujemy zaawansowane metody metagenomiczne, bioinformatyczne oraz analizy funkcjonalne, aby badać dynamikę mikrobiomu i jego wpływ na procesy biologiczne oraz zdrowie. Naszym celem jest opracowanie innowacyjnych rozwiązań w zakresie probiotykoterapii, modyfikacji mikrobiomu oraz strategii poprawy bezpieczeństwa żywności.

Zakres badań

• Badanie wpływu ksenobiotyków, składników diety oraz produktów spożywczych na mikrobiotę jelitową człowieka w modelu in vitro.
• Poszukiwanie probiotyków następnej generacji, które mogą modulować mikrobiotę jelitową oraz oddziaływać na procesy zapalne i szlaki apetytu i sytości.
• Analiza roli środowiskowych obesogenów w rozwoju otyłości, ze szczególnym uwzględnieniem mechanizmów związanych z mikrobiotą jelitową i jej wpływem na metabolizm gospodarza.
• Analiza degradacji ksenobiotyków z wykorzystaniem enzymów produkowanych przez organizmy WRF oraz ocena wpływu wybranych warunków na ekspresję genów związanych z biosyntezą tych enzymów.

Metody badawcze

• Techniki biologii molekularnej: analiza ekspresji genów (rt-PCR), kwatyfikacja mikroorganizmów (qPCR), sekwencjonowanie następnej generacji (NGS) na platformie Illumina MiSeq, sekwencjonowanie Sangera, testy ELISA, badania aktywności estrogenowej i androgenowej z wykorzystaniem transgenicznych szczepów drożdży.
• Mikrobiologia: techniki mikrobiologii klasycznej oraz hodowla bezwzględnie beztlenowych mikroorganizmów z wykorzystaniem komory anaerobowej.
• Analiza bioinformatyczna: charakterystyka mikrobiomu, przetwarzanie i interpretacja danych sekwencyjnych w celu określenia składu i funkcji mikroorganizmów.

Zespół

Kierownik: mgr Paulina Średnicka – asystent (ORCID 0000-0001-8597-301X) – absolwentka Uniwersytetu Łódzkiego na kierunku biotechnologia ze specjalnością mikrobiologiczną oraz Polsko-Japońskiej Akademii Technik Komputerowych na kierunku bioinformatyka. Doktorantka Szkoły Doktorskiej AgroBiotech PhD. Zainteresowania badawcze obejmują interakcje między mikrobiotą jelitową człowieka a ksenobiotykami, ze szczególnym uwzględnieniem związków endokrynnie czynnych, w tym obesogenów, oraz ich wpływu na funkcjonowanie mikrobioty w kontekście rozwoju otyłości i zaburzeń metabolicznych.

📧 E-mail: paulina.srednicka@ibprs.pl

dr inż. Joanna Bucka Kolendo – adiunkt (ORCID 0000-0002-8082-1153) Dr inż. Joanna Bucka-Kolendo prowadzi prace naukowe w dziedzinie mikrobiologii i genetyki mikroorganizmów przemysłowych. Jej prace naukowe koncentrują się na badaniu mikroorganizmów, w tym bakterii kwasu mlekowego, które odgrywają kluczową rolę w biotechnologii oraz w przemyśle spożywczym. Dr Bucka-Kolendo bada genotypowe i fenotypowe właściwości mikroorganizmów, zwracając szczególną uwagę na ich oporność na stresy środowiskowe. Jej badania obejmują także genetyczne mechanizmy oporności oraz wykorzystanie technik molekularnych do identyfikacji i analizy mikrobioty, co ma kluczowe znaczenie w kontrolowaniu jakości i bezpieczeństwa produktów przemysłowych.

📧 E-mail: joanna.bucka@ibprs.pl

mgr inż. Agnieszka Zapaśnik – asystent (ORCID 0000-0002-5492-8352) – absolwentka kierunku Żywienie Człowieka i Ocena Żywności na SGGW oraz doktorantka Szkoły Doktorskiej AgroBioTech PhD. Zainteresowania badawcze koncentrują się na wykorzystaniu mikroorganizmów, w szczególności grzybów z grupy WRF, do degradacji ksenobiotyków obecnych w żywności. Prowadzone badania obejmują także analizę zanieczyszczeń żywności oraz poszukiwanie innowacyjnych metod ich eliminacji z wykorzystaniem mikroorganizmów oraz innych technik biologicznych.

📧 E-mail: agnieszka.zapasnik@ibprs.pl

Oferta

Identyfikacja genetyczna mikroorganizmów – identyfikacja taksonomiczna czystych kultur bakterii, drożdży i pleśni obejmująca izolację DNA, PCR na standardowych starterach, sekwencjonowanie Sangera oraz analizę porównawczą z bazami danych. Sekwencjonowanie jest niezwykle przydatnym narzędziem w identyfikacji nieznanych izolatów występujących w krytycznych obszarach w warunkach aseptycznych oraz w ustalaniu przyczyn psucia się produktów spożywczych.

Możliwości badawcze

Metagenomika – Sekwencjonowanie amplikonowe NGS – analiza mikrobiomu (16S rDNA – bakterie) w próbkach środowiskowych i biologicznych bez konieczności izolowania czystych kultur mikroorganizmów, stosowane w badaniach nad mikrobiotą jelitową, środowiskową i przemysłową.

Analiza bioinformatyczna – opracowanie wyników sekwencjonowania 16S rDNA, obejmujące filtrację danych, identyfikację mikroorganizmów, analizę różnorodności mikrobiologicznej i wizualizację wyników.

Badania aktywności estrogenowej i androgenowej – testy YES (Yeast Estrogen Screen) i YAS (Yeast Androgen Screen) do wykrywania związków endokrynnie czynnych w próbkach środowiskowych, chemicznych, agrochemicznych, biocydach, pestycydach i innych.

Współpraca i praktyki

Pracownia Biotechnologii i Inżynierii Molekularnej IBPRS-PIB umożliwia realizację studenckich praktyk zawodowych oraz prac dyplomowych (inżynierskich, licencjackich, magisterskich). Jesteśmy jednostką naukową ukierunkowaną na ścisłą współpracę z innymi ośrodkami badawczymi. Osoby zainteresowane współpracą zapraszamy do kontaktu z kierownikiem pracowni.

Publikacje

• Średnicka, P., Roszko, M., Emanowicz, P., Wójcicki, M., Popowski, D., Kanabus, J., & Juszczuk-Kubiak, E. (2024). Influence of bisphenol A and its analogues on human gut microbiota composition and metabolic activity: Insights from an in vitro model. Science of The Total Environment, 956, 177323.
• Zapaśnik, A., Pierzgalski, A., & Bryła, M. (2024). Determination of Opium Alkaloid Content in Poppy Seeds Using Liquid Chromatography Coupled with a Mass Spectrometer with a Time-of-Flight Analyzer (UPLC-TOF-HRMS). Foods, 13(17), 2826.
• Bucka-Kolendo, J., Kiousi, D.E., Dekowska, A., Mikołajczuk-Szczyrba, A.; Karadedos, D.M. Michael, P.; Galanis, A.; Sokołowska, B. Exploration of Alicyclobacillus spp. Genome in Search of Antibiotic Resistance. Int. J. Mol. Sci. 2024, 25, 8144.
• Zapaśnik, A., Bryła, M., Sokołowska, B.& Waśkiewicz, A. (2024). Pleurotus spp.—An effective way in degradation mycotoxins? A comprehensive review. Mycotoxin Research. Volume 41, 1–13
• Średnicka, P., Roszko, M. Ł., Popowski, D., Kowalczyk, M., Wójcicki, M., Emanowicz, P., … & Juszczuk-Kubiak, E. (2023). Effect of in vitro cultivation on human gut microbiota composition using 16S rDNA amplicon sequencing and metabolomics approach. Scientific Reports, 13(1), 3026.
• Bucka-Kolendo, J.; Kiousi, D.E.; Wojtczak, A.; Doulgeraki, A.I.; Galanis, A.; Sokołowska, B. Depiction of the In Vitro and Genomic Basis of Resistance to Hop and High Hydrostatic Pressure of Lactiplantibacillus plantarum Isolated from Spoiled Beer. Genes 2023, 14, 1710. https://doi.org/10.3390/genes14091710
• Zapaśnik, A., Sokołowska, B., & Bryła, M. (2022). Role of Lactic Acid Bacteria in Food Preservation and Safety. Foods, 11(9), 1283.
• Zapaśnik, A., Bryła, M., Waśkiewicz, A., Ksieniewicz-Woźniak, E., & Podolska, G. (2022). Ochratoxin A and 2′R-Ochratoxin A in Selected Foodstuffs and Dietary Risk Assessment. Molecules, 27(1), 188.
• Średnicka, P., Juszczuk-Kubiak, E., Wójcicki, M., Akimowicz, M., & Roszko, M. (2021). Probiotics as a biological detoxification tool of food chemical contamination: A review. Food and Chemical Toxicology, 153, 112306.
• Jasińska, A., Soboń, A., Różalska, S., & Średnicka, P. (2021). Bisphenol a removal by the fungus myrothecium roridum IM 6482—Analysis of the cellular and subcellular level. International Journal of Molecular Sciences, 22(19), 10676.